序列工作台

序列工作台

粘贴 DNA 或 RNA 序列,在浏览器中即时查看统计、反向互补、翻译、开放阅读框与限制性酶切位点。

分子类型:
长度: 0 nt

粘贴序列以开始。

关于序列工作台

一个浏览器内置工具,可将粘贴的 DNA 或 RNA 字符串同时转换为五类结果:序列统计、反向互补(含变体)、三个正向阅读框的翻译、所有六框的全部开放阅读框,以及限制性酶切位点定位。所有计算均在本地运行——任何序列、错误列表或结果都不会发送到服务器。输入会按严格字母表(A、C、G、T/U 加 11 个 IUPAC 简并代码)进行校验;其他字符会列在侧边错误面板中并标注其 1-based 位置,计算将继续作用于最长有效前缀。

五种模式,一个输入

  • 统计:长度、碱基计数、GC%、GC 偏倚、AT%、分子量(单链 / 双链 DNA、RNA)以及 Tm。对于 ≤ 14 nt 序列使用 Wallace 公式,更长的纯 ACGT 序列使用 SantaLucia 1998 最近邻模型。
  • 反向互补:IUPAC 感知的互补链、反向链与反向互补链,每条均带 5′→3′ / 3′→5′ 标签、复制与 FASTA 下载。
  • 翻译:三个正向阅读框,逐密码子表格(高亮起始 / 终止),并拼接为蛋白质序列。可选择全部 27 个 NCBI 遗传密码,包括标准密码、脊椎动物 / 无脊椎动物 / 棘皮动物 / 酵母线粒体密码、纤毛虫与替代酵母细胞核密码,以及近期新增的 25–33(SR1、Pachysolen、Karyorelict、Condylostoma、Mesodinium、Peritrich、Blastocrithidia、Balanophoraceae、Cephalodiscidae UAA-Tyr)。
  • ORF 查找:所有六框(3 个正向 + 3 个反向互补),起始密码子到下一个框内终止密码子,最小长度可配置,报告嵌套 ORF 的跨度,并在表格上方提供 NCBI ORFfinder 风格的线性 SVG 图谱。将鼠标悬停在某一行上,对应图块会高亮;悬停图块则行高亮。
  • 限制性酶切位点100+ 种 II 型限制性内切酶(源自 REBASE 导出),提供搜索 / 过滤输入、全选 / 取消全选,以及线状 / 环状切换(环状模式在序列首尾相接处环绕,从而识别跨越起点的位点),并标注每个匹配位点的切割位置与突出端。

一键插入示例

内置 8 个示例序列:60 bp 的 lac 启动子片段(统计)、eGFP 编码区起始(翻译)、多 ORF 合成序列(ORF 查找)、200 bp 包含 Addgene 最常用酶切位点的多酶位点合成序列、16S rRNA 片段(RNA 反向互补)、20 nt PCR 引物(Wallace Tm)、类 mRNA 短 RNA(翻译)以及 IUPAC 简并序列(严格字母表测试)。

内置速查表

打开速查表抽屉即可快速查阅:16 个 IUPAC 代码(标注匹配与含义)、全部 27 个遗传密码、标准 64 密码子表(以 4×4×4 网格渲染,起始 / 终止高亮)以及 20 个最常用限制性内切酶。

隐私与限制

页面静态生成,React 组件通过 client:load 激活。不使用 localStorage,不进行任何分析或网络通信。输入上限为 1 MB,更大的输入将被明确拒绝。实时重算经过防抖处理(小输入 150 ms,超过 100 KB 的输入 500 ms)。

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