序列工作台
序列工作台
貼上 DNA 或 RNA 序列,在瀏覽器中即時查看統計、反向互補、轉譯、開放閱讀框與限制酶切位。
分子類型:
貼上序列以開始。
關於序列工作台
一個瀏覽器內建工具,可將貼上的 DNA 或 RNA 字串同時轉換為五類結果:序列統計、反向互補(含變體)、三個正向閱讀框的轉譯、所有六框的全部開放閱讀框,以及限制酶切位定位。所有計算均在本地端執行——任何序列、錯誤列表或結果都不會傳送到伺服器。輸入會依嚴格字母表(A、C、G、T/U 加 11 個 IUPAC 簡並代碼)進行驗證;其他字元會列於側邊錯誤面板中並標註其 1-based 位置,計算將繼續作用於最長有效前綴。
五種模式,一個輸入
- 統計:長度、鹼基計數、GC%、GC 偏倚、AT%、分子量(單股 / 雙股 DNA、RNA)以及 Tm。對於 ≤ 14 nt 序列使用 Wallace 公式,更長的純 ACGT 序列使用 SantaLucia 1998 最近鄰模型。
- 反向互補:IUPAC 感知的互補股、反向股與反向互補股,每條皆附 5′→3′ / 3′→5′ 標籤、複製與 FASTA 下載。
- 轉譯:三個正向閱讀框,逐密碼子表格(高亮起始 / 終止),並拼接為蛋白質序列。可選擇全部 27 個 NCBI 遺傳密碼,包括標準密碼、脊椎動物 / 無脊椎動物 / 棘皮動物 / 酵母粒線體密碼、纖毛蟲與替代酵母細胞核密碼,以及近期新增的 25–33(SR1、Pachysolen、Karyorelict、Condylostoma、Mesodinium、Peritrich、Blastocrithidia、Balanophoraceae、Cephalodiscidae UAA-Tyr)。
- ORF 尋找:所有六框(3 個正向 + 3 個反向互補),起始密碼子到下一個框內終止密碼子,最小長度可設定,報告巢狀 ORF 的跨度,並於表格上方提供 NCBI ORFfinder 風格的線性 SVG 圖譜。將游標停留於某一行上,對應圖塊會反白;停留於圖塊則行反白。
- 限制酶切位:100+ 種 II 型限制酶(源自 REBASE 匯出),提供搜尋 / 過濾輸入、全選 / 取消全選,以及線狀 / 環狀切換(環狀模式在序列首尾相接處環繞,從而識別跨越起點的位),並標註每個命中位之切割位置與突出端。
一鍵插入範例
內建 8 個範例序列:60 bp 的 lac 啟動子片段(統計)、eGFP 編碼區起始(轉譯)、多 ORF 合成序列(ORF 尋找)、200 bp 包含 Addgene 最常用酶切位之多酶位合成序列、16S rRNA 片段(RNA 反向互補)、20 nt PCR 引物(Wallace Tm)、類 mRNA 短 RNA(轉譯)以及 IUPAC 簡並序列(嚴格字母表測試)。
內建速查表
開啟速查表抽屜即可快速查閱:16 個 IUPAC 代碼(標註符合與意義)、全部 27 個遺傳密碼、標準 64 密碼子表(以 4×4×4 網格呈現,起始 / 終止高亮)以及 20 個最常用限制酶。
隱私與限制
頁面靜態生成,React 元件透過 client:load 啟用。不使用 localStorage,不進行任何分析或網路通訊。輸入上限為 1 MB,更大的輸入將被明確拒絕。即時重算經過防抖處理(小輸入 150 ms,超過 100 KB 的輸入 500 ms)。
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